Banyak dari musim kedua Gotham sejauh ini difokuskan pada Jerome Velasco (Cameron Monaghan), anak dengan rambut merah dan tawa yang menghantui yang menurut banyak penonton akan menjadi Joker. Dia muncul di musim 1, dituduh membunuh ibunya dan dipenjara di Arkham Asylum, tetapi dibebaskan bersama dengan beberapa narapidana lainnya oleh Theo Galavan (James Frain).
Namun sementara dalang kriminal Theo dan saudara perempuannya Tabitha perlahan-lahan mengambil alih Kota Gotham, bos kejahatan baru Oswald Cobblepot alias Penguin (Robin Lord Taylor) dengan curiga tidak hadir. Dia telah menyerah, tetapi Cobblepot sekarang kembali ke pertunjukan dengan sepenuh hati. Dalam episode pekan lalu, Theo melakukan kesalahan dengan menculik ibu Cobblepot dan memeras Cobblepot agar bisa mencalonkan diri sebagai walikota. Dan sebagai hasilnya, Nathaniel Barnes (Michael Chiklis), kapten baru GCPD, telah menetapkan kekuatan serangan barunya pada Penguin.
Klip baru (di atas) dari episode Senin depan, berjudul "Skarifikasi," menampilkan kekuatan serangan baru yang menyerang salah satu operasi Penguin dan disambut oleh peluncur roket. Ini jelas baru bagi Kapten Barnes, yang sangat terkejut dengan persenjataan canggih, meninggalkan Harvey Bullock (Donal Logue) untuk hanya menjawab, "Selamat datang di Gotham, Cap."
Kapten Barnes terbukti menjadi tambahan baru yang menarik untuk Gotham karena dia tidak bermain sesuai aturan kota. Dia kemudian setuju untuk mencapai Merc, yang menurut James Gordon (Ben McKenzie) menjual sebagian besar senjata berat di kota, meskipun mereka tetap tidak tersentuh sampai sekarang dengan membayar setengah dari dewan kota. Mungkin aman untuk mengatakan bahwa Penguin tidak akan senang jika Gordon mengungkapkan informasi kecil itu.
Tentu saja, saat Kapten Barnes melanjutkan perjuangannya melawan kejahatan di Kota Gotham, Galavan dan Penguin perlu meningkatkan operasi mereka sendiri. Keduanya akan bergabung dalam episode pekan ini dengan salah satu keluarga berbahaya Gotham, dan persaingan antara Waynes dan Galavans yang muncul kembali juga akan membuat Gordon tetap sibuk.
Masalah jelas hanya akan menjadi lebih buruk bagi semua orang di Gotham City, membuka jalan bagi Bruce Wayne untuk akhirnya menjadi Batman. Galavan dan gencatan senjata baru Penguin hanya sementara, karena Nyonya Cobblepot masih ditahan. Sekelompok penjahat baru sedang naik daun, termasuk Edward Nygma, yang merupakan bom waktu yang menunggu untuk terjadi. Dan karena Kapten Barnes semakin menekan kejahatan di Gotham, para penjahat akan semakin mundur.
Gotham kembali dengan "Skarifikasi" Senin depan jam 8 malam di FOX.